Standard připouští tato zbarvení srsti novofundlandského psa:
černá, bíločerná a hnědá.
Černá - nejběžnější barvou novofundlanďana je černá. Barva má být co možná nejvíc jednotná, ale je povolen nádech vyblednutí od slunce. Bílé znaky na hrudi, prstech a nebo na špičce ocasu jsou přípustné. 
Černobílá - tato barevná varieta má pro plemeno historický význam. Přednost se dává černé hlavě pokud možno s bílou lysinou, táhnoucí se až na čenich, černému sedlu s pravidelným vybarvením, černou zádí a černou horní stranou ocasu. Ostatní části musejí být bílé, mohou být s minimálním tečkováním (ticking). 
Hnědá - hnědá barva se pohybuje od čokoládových odstínů po bronzovou. Bílé znaky na hrudi, prstech a konci ocasu jsou přípustné.

Pokusy se zjistilo, že některé geny potlačují svými projevy geny jiné, nebo své vlastní alely – jsou převládající, dominantní a označujeme je velkými písmeny. Geny potlačované, ustupující, nazýváme recesivní a označujeme je písmeny malými. Protože potomek dostává polovinu svého genotypu od matky a polovinu od otce, je vždy každý znak nebo vlastnost založen dvěma geny. Pokud jsou tyto geny stejně kvalitní, říkáme, že je zvíře pro daný znak čistokrevné – homozygotní a to buď dominantně (oba geny jsou dominantní AA) nebo recesivně (oba geny jsou recesivní aa). Při nestejné kvalitě genů je zvíře "kříženec" – heterozygot Aa. Každé zvíře je pro mnoho znaků heterozygotní, absolutní homozygot nemůže existovat.
U čistokrevných psů je žádoucí i nežádoucí zbarvení dáno standardem plemene. Chovatelé by se proto měli zajímat o způsob, jakým se to které zbarvení srsti dědí a jak postupovat v chovu, aby se vyvarovali nemilých chyb.
Za zakladatele a průkopníka studia dědičnosti barev srsti psa lze považovat Clarence C. Littla, který roku 1957 publikoval dodnes velice moderní souhrnný přehled genů, které se na barvě srsti podílí. Jeho označení jednotlivých alel je velice přehledné a logické a proto ho používáme i my.
I když existuje mnoho plemen psů, která člověk záměrně vyšlechtil, patří všechna k jednomu živočišnému druhu – pes (canis). Naprosto logicky proto předpokládáme, že pro celý druh platí, že shodné barvy jsou vyvolávány působením stejných genů – například, že černá barva novofundlanda je způsobena stejnými geny jako černé zbarvení pudla, šarpeje, knírače či šiperky. Žádná sledování nenasvědčují tomu, že by to tak nebylo, ale je samozřejmě známo, že některé alely se u všech plemen nevyskytují.
Než se pustíme do podrobnějšího popisu genů pro barvy srsti psa, měli bychom si ujasnit jedno: mluvíme-li o barvě psa, musí být naše řeč jasná. Řekneme-li hnědý pes, je to vždy pes zbarvený na základě hnědého pigmentu, se srstí v různém odstínu hnědé (čokoládové) barvy s hnědým (játrovým) nosem. Takový pes nemá na svém těle žádný černý pigment, nenajdeme u něho jediný černý chlup a má i světlejší oko a světlé drápy. Mluvíme-li o žlutém psu, tak myslíme takového, který má černý pigment, tedy černý nos a srst v různých odstínech žluté barvy – od smetanové přes pískovou, zlatou, srnčí, rudou až po tmavou mahagonovou. Ale pozor! I žlutý pes může mít špatně vybarvený nos, takže na první pohled máme dojem, že jde o zbarvení na podkladě hnědého pigmentu. Pak si ale musíme všimnout barvy jeho očí a drápů a hledat v srsti náznak černé barvy, abychom ho správně identifikovali!

Známe dvanáct základních genů, které ovlivňují zbarvení srsti psa.

Locus A:
V locu A je série alel, která určuje množství a rozmístění tmavého (černého, hnědého) pigmentu v srsti.

Locus B:

Locus C:
V locu C jsou alely, které především působí na intenzitu žluté barvy. Žlutá barva má vedle strakatosti největší variabilitu, od opticky téměř bílé až po temně mahagonovou (irský setr). Vzájemnými vztahy alel v tomto locu a působením dalších faktorů se zabývalo mnoho badatelů. Z jejich prací a z chovatelské praxe vyplývají následující závislosti.

Kromě uvedených alel, které byly v locu C popsány badateli a experimentálně ověřeny chovateli, existuje i řada dalších faktorů, které se na žlutém zbarvení srsti psa podílejí. Především jsou to již zmíněné polygeny, zvané "rufus", které ovlivňují zesvětlování žluté barvy. Z praxe je známo, že sytost žlutého zbarvení velmi kolísá a že je obtížné dosáhnout žádoucího odstínu. Výsledky výzkumu se od sebe natolik liší, že je těžko jednoznačně říci, jak to doopravdy se vzájemným působením všech faktorů vlastně je. Vzhledem k tomu, že není známo, že by dva světlejší jedinci přivedli na svět sytě žlutého potomka, předpokládáme, že zjištění Littlova o recesivitě genů pro zesvětlení žluté barvy jsou správná. Rufus geny ovlivňují i sytost černé barvy – předpokládáme jejich působení při snížení sytosti zbarvení sedla u erdela, lakelanda nebo vzniku matně černé (opticky hnědočerné) barvy u šarpejů.

Skupina polygenů nazývaných "umbrous" dovoluje vzniku takzvaného sobolího zbarvení (sable, sezam, zobl, činčila). Působí na a^y a vyvolávají promísení žlutých chlupů s černými nebo zbarvení špiček žlutých chlupů černě. Toto zbarvení je velmi efektní například u saluk nebo tibetských španělů a naopak krajně nežádoucí u šarpejů. Chovatelsky je ověřeno, že musí existovat i další modifikační faktory, působící v locu C. Jde o faktory působící tzv. "urajiro" zbarvení, které je známé např. u saluk a přímo vyžadované standardem pro akity a shiby. Jde v podstatě o žlutou variantu již zmíněné zbarvení "grizzle" u chrtů. Jedinci s urajiro mají nad očima, okolo tlamy, na hrdle, prsou, spodku ocasu a nohou velmi světlé, opticky až bílé zbarvení. Výsledky v chovu ukazují, že jde o recesivní faktory, ale bohužel se jejich dědičností dosud nikdo nezabýval.

Locus D:

Locus E:

V locu E je popsána i existence alely E^m, nadřazené všem ostatním, která dává vznik masce (černé, hnědé). Někteří autoři uvádí, že u žlutého zbarvení na základě ee se maska nevyskytuje a že je to bezpečný způsob, jak poznat "pravého" žlutého jedince od nežádoucího citronového.

Locus G:

Locus M:

Locus P:

Locus R:

Locus S:

Všechny alely tohoto locu na sebe vzájemně působí a při heterozygotních kombinacích vyvolávají různě velký rozsah bílých odznaků. Například jedinec sⁱ sⁱ má méně bílé než sⁱ s^p nebo dokonce sⁱ s^w atd.

Locus T:
Ovlivňuje čistotu bílých ploch.

Stejně tak, jak některé standardy požadují bílé plochy čisté (king Charles španěl), tak jiné naopak tečkování vyžadují (český strakatý pes, dalmatin). U dalmatinců se dlouho předpokládalo, že jde o odlišný gen, který vyvolává jejich typické zbarvení. Dnes již víme, že jde opravdu o klasické tečkování (T), které chovatelé výběrem rodičovských párů dovedli k takové dokonalosti.

Locus W:
V tomto locu jsou umístěny alely pro dominantní bílé zbarvení, které se vyskytuje jen u několika plemen. Badatelé tyto faktory objevili díky bulterierům, u kterých je bílá barva dominantní nad barevností.